वैदेशिक सहायता परिचालनमा अनेकौं समस्या देखिएका छन् । सरकारले वैदेशिक सहायतालाई पनि एक महत्वपूर्ण अधार बनाउँदै बजेट बनाउने गरे पनि त्यस्तो सहायता परिचालनमा अनेकौ समस्या रहेको सरकारले नै प्रष्ट पारेको छ । आयोजना कार्यान्वयनको पूर्वतयारी पूरा नभई वैदेशिक सहायतासम्बन्धी सम्झौता हुने तर कार्यान्वयनका क्रममा तोकिएको समय र लागतमा आयोजना पूरा हुन नसक्ने, खरिद प्रक्रिया तथा ठेक्का व्यवस्थापनमा देखिएका समस्या र अन्तरनिकाय समन्वयको कमीका कारणले समेत वैदेशिक सहायता परिचालनमा अपेक्षित सुधार हुन नसकेको हालै सार्वजनिक, विकास सहायता नीति २०८२ मा उल्लेख गरिएको छ ।